Насколько я знаю, если я делаю бекап сайта, каждый объект обзаволдится новым ID, при этом ссылки ifs://ID в теле документа не корректируются. И восстановить структуру сайта будет не просто.

Хорошо, что бы всё бекап копия была выстро устанавливаемой. Что бы избежать трудностей с хранением нескольих объектов с одинаковыми ID можно:

1) выдавать забакапленные ветки на руки (в виде zip файла).

2) можно их хранить на сервере в путях, не просматриваемых из инфоспейса,

3) можно хотя бы создавать файлик с листингом для копируемой структуры:

old ID - new ID - path/name

8713 - 300543 - /images/microhard.gif

и уметь при восстановлении из бекапа пользоваться этим файликом для восстановления ID.