Установка сводится, в основном, к разархивированию дистрибутива. Рекомендуемое расположение для установки под linux - каталог /opt/jakarta-tomcat-x.x.x. После этого надо указать путь до JRE/JDK в переменной окружения JAVA_HOME (её можно задать в файле catalina.bat или catalina.sh). Tomcat 4.1 настроен на работу с JDK, поэтому для работы с JRE надо выполнить дополнительные действия:

1. Добавить tools.jar в JAVA_HOME/lib (tools.jar берётся из JRE)
2. Убрать проверку на наличие javac/jdb в файле setclasspath.bat (setclasspath.sh).